Cada Conselho tem a liberdade de definir no seu Regimento Interno, quais são as normas de funcionamento, bem como a sua estrutura organizacional. Recomenda-se, porém, que o Conselho seja conduzido com a seguinte estrutura mínima:

Plenário – Reunião periódica dos Conselheiros e a Diretoria do Conselho, cuja formação prevê pelo menos o Presidente e seu Vice-Presidente.

Secretaria – Deve ser composta por funcionários indicados pelas instâncias de governos, desde que as pessoas não façam parte do Conselho. Tem como responsabilidade desenvolver atividades administrativas do Conselho e oferecer apoio técnico, quando solicitada.

Comissões permanentes – Também podem ser chamados de Grupos Temáticos. Podem ser organizados com objetivos específicos para estudar, analisar, opinar ou emitir pareceres sobre assuntos que venham a se tornar importantes dentro do Conselho. Podem e devem auxiliar a realização das reuniões do Plenário, para orientar e subsidiar os processos de análises e decisões. As comissões podem ser permanentes ou dedicadas a determinado tema específico, por tempo determinado. Recomenda-se forma-las quando se identificam matérias que necessitam apreciação de um grupo de conselheiros, para que possam fazer proposições de ações ou mesmo assumirem estudos específicos para resolução de desafios do Conselho. Geralmente são formadas para atender a temas específicos.

Exemplos: Comissão de Políticas Públicas, Comissão de Normas, Comissão de Orçamento e Finanças, Comissão de Articulação Institucional, Comissão de Comunicação Social, Comissão de Gestão e Acompanhamento do Fundo do Idoso, entre outros.